随着市场经济发展和经济体制改革的深入，南通市的部分国有企业改制或破产，出现了大量的破产和改制企业的档案。这批档案属于国有资产，为了做好破产企业档案的管理，确保档案的完整与安全，防止国有资产流失，南通市档案局与市中级人民法院、体改委于2000年联合出台了《南通市国有企业档案处置暂行办法》，规定了破产企业进入破产程序时必须由档案局派员参加清算组，档案处置经费从企业破产经费中优先列支，该办法成为处置全市破产企业档案的重要依据，保证了国有破产企业档案不散失，维护了国有破产企业的历史面貌。截止到2007年底，南通市档案馆先后接收了市纺工、轻工、电子仪表、机械和化工等系统的破产企业文书、会计、科技、声像、照片和实物等档案共78个全宗，140559卷，17497件。其中，职工参加工作时的介绍信、工资名册等档案利用率很高，为职工办理退休手续提供的依据。