1949年2月，南通市人民政府成立后，着手建立档案工作。
1950年初，市委、市政府在秘书部门设置了机关档案室，管理机关文书档案。
1954、1955年，市人委、市委先后建立了办公室，全市的档案工作，由市委、市人委两个办公室兼管。南通地区的档案工作由地委、专署两个办公室兼管。
1959年3月，南通市建立了档案事业机构——南通市档案资料馆，并代行档案管理机构职能。
60年代初，南通市和南通专署正式建立了档案行政管理机构。
“文化大革命”初期，档案行政机构被撤销，档案事业机构停止了工作。
1974年至1981年，市档案馆恢复了工作。
1980年7月，南通市档案局建立。
1983年3月，江苏省实行市管县体制，南通市档案局与南通行署档案处合并为南通市档案局。
1983年12月，南通市档案局与市南通市档案馆合署办公。
2005年1月18日，南通市档案局（馆）升格为正处级建制。